在深圳，以下三种方式可以申请车牌指标：
1. 摇号：符合摇号资格的个人或企业可以通过深圳市交通运输局官方网站进行申请。需要满足的条件包括：持有有效的居住证或者持有有效的港澳居民居住证；名下没有在深圳登记的小汽车；名下未拥有有效期内的指标或者不具有更新指标申请资格等。
2. 竞价：个人或企业也可以通过深圳市交通运输局官方网站进行竞价申请。竞价成功后可以获得车牌指标。
3. 申请更新指标：如果您的车辆需要报废、出口或者过户，您可以在满足条件的情况下申请更新指标。同样需要通过深圳市交通运输局官方网站进行申请。
需要注意的是，以上三种方式都需要在规定的时间内完成申请和操作，否则将失去申请资格。同时，申请过程中需要遵守相关法律法规，确保申请的合法性和有效性。