当您的汽车因涉水行驶或被水淹导致发动机损坏时，您可以按照以下步骤向保险公司申请理赔：
1. 立即报警：如果您在涉水行驶时发生事故，请立即拨打交警电话报警。这将有助于您获得事故证明，以便于后续理赔。
2. 拍照留证：拍摄现场照片，包括车辆位置、积水深度、道路状况等。确保照片清晰，能反映出事故发生的情况。
3. 联系保险公司：尽快联系您的保险公司，报告事故情况。了解保险公司对于涉水事故的理赔流程和要求。
4. 拖车服务：将车辆拖至维修点或保险公司指定的定损点。在这个过程中，您可能需要支付一定的拖车费。
5. 发动机检测与维修：对发动机进行检测，确定损坏原因。根据检测结果进行维修或更换发动机。
6. 提交理赔材料：向保险公司提交相关理赔材料，包括事故证明、照片、维修清单等。保险公司会根据您购买的保险类型和责任范围进行评估，给予相应的赔偿。
请注意，理赔过程中可能需要您承担一定的免赔额，具体金额取决于保险合同中的相关规定。同时，如果车辆在涉水过程中存在违法行为，如超速、闯红灯等，保险公司可能会拒绝赔付。