更换发动机需要遵守以下步骤才能合法：
1. 首先，你需要获得当地交通部门的批准。这通常需要你提供车辆登记证、车主身份证明以及发动机更换的原因和必要性的证明。
2. 在得到批准后，你需要选择一家有资质的汽车维修企业来执行这个任务。他们需要有专业的设备和技术能力来完成这个工作。
3. 你还需要购买一个新的符合排放标准的发动机。在购买时，请确保发动机的型号与你的车型相符，并且符合当地的排放标准。
4. 在安装新发动机之前，你需要将旧发动机的编号记录在案，并在新发动机上打上相同的编号，以防止非法改装。
5. 新发动机安装完成后，你需要将车辆送交当地交通部门进行检验，以确保新发动机符合排放标准和其他相关法规。
6. 如果检验通过，你将获得新的行驶证，证明你的车辆已经合法地更换了发动机。