1. 储存问题：氢气是一种非常轻的气体，容易在储存和运输过程中逃逸。目前，还没有找到一种既安全又高效的氢气储存方法。
2. 安全性问题：氢气本身具有易燃、易爆的特性，当氢气浓度达到一定程度时，即使微小的火源也可能引发爆炸。此外，氢气泄漏还可能对人体造成窒息伤害。
3. 成本问题：虽然理论上氢能源的成本应该比化石燃料低，但由于目前的生产技术限制，氢气的生产成本相对较高。
4. 能源转换效率：从化石燃料中产生氢气需要消耗大量的能量，这使得氢能源的整体能源转换效率较低。
5. 环境影响：虽然氢气燃烧后只产生水，但氢气生产过程中的环保问题仍然不容忽视。例如，从天然气中提取氢气会产生大量的二氧化碳等温室气体。
6. 基础设施：建立氢能基础设施（如加氢站）需要大量的时间和资金投入，这对于许多国家来说是一个挑战。