通过支付宝进行杭州车牌摇号需要先完成实名认证，然后按照以下步骤操作：
1. 打开支付宝，点击主页面上的“更多”选项。
2. 在“便民生活”类别下找到并点击“城市服务”。
3. 在“杭州”栏目中，选择“小客车指标配置”或“小客车竞价平台”。
4. 如果您还没有完成实名认证，请点击“实名认证”并按照提示完成认证。
5. 完成实名认证后，返回“小客车指标配置”或“小客车竞价平台”界面，点击“填写申请”按钮开始申请摇号。
6. 仔细阅读并同意相关协议和条款，然后填写个人信息、申请编码等信息。
7. 确认无误后，点击“提交申请”按钮。提交成功后，您可以返回“小客车指标配置”或“小客车竞价平台”界面查看申请进度和摇号结果。
请注意，摇号申请需要满足一定的条件，如持有有效的居住证、驾驶证等。如有疑问，请查阅杭州市小客车总量调控官方网站的相关政策和要求。