清除本田发动机积碳的方法有以下几种：
1. 定期更换机油和机油滤芯：机油中的添加剂可以帮助减少积碳的产生，而及时更换机油和机油滤芯可以确保发动机内部清洁。
2. 使用燃油添加剂：市面上有售的燃油添加剂可以在加油时加入油箱，帮助清除发动机内的积碳。但请注意按照说明书正确使用，以免对发动机造成损害。
3. 拉高速：通过高转速行驶，可以让发动机内部的积碳在气流的作用下松动并排出。这种方法适用于较轻度的积碳。
4. 拆机清洗：对于严重的积碳问题，可能需要将发动机拆解，用专用清洗剂进行清洗。这种方法操作复杂，需要专业人员进行操作。
5. 定期保养：遵循汽车制造商的保养建议，定期对发动机进行检查和维护，可以有效预防积碳问题的发生。