是的，北京对于外地车辆进入六环以内区域有限制。如果你持有“进京证”，但是违反了早晚高峰时段限行的规定，会被处罚并扣分的。
根据《北京市实施〈中华人民共和国道路交通安全法〉办法》的相关规定：
1. 未办理进京通行证件的外省、区、市机动车进入六环路（不含）以内道路行驶的，认定为\"违反限制通行规定\"的违章行为，罚款100元并记3分。
2. 已办理进京通行证件的外省、区、市机动车，违反尾号限行规定的，认定为\"违反限制通行规定\"的违章行为，罚款100元。
3. 已办理进京通行证件的外省、区、市机动车，进出京车辆在本市有违反交通禁令标志、禁止标线指示的，认定为\"违反禁止标志指示\"的违章行为，罚款100元并记3分。
4. 已办理进京通行证件的外省、区、市机动车，违反尾号限行规定的，认定为\"违反限制通行规定\"的违章行为，罚款100元。
所以，即使你持有“进京证”，也需要遵守北京的限行规定，否则仍然会受到相应的处罚。