不扣。
根据《机动车驾驶证申领和使用规定》附件2《道路交通安全违法行为记分分值》中的规定，对于摩托车违反交通信号灯通行的行为，将对其驾驶证（E或F照）进行扣分处理，而不是对汽车驾驶证（C1）进行扣分。
具体规定如下：
驾驶二轮摩托车，不按规定车道行驶的，扣2分； 驾驶二轮摩托车时驾驶人未按规定戴安全头盔的，扣2分； 驾驶机动车在高速公路或者城市快速路上不按规定车道行驶的，扣3分； 驾驶机动车违反禁令标志、禁止标线指示的，扣3分； 驾驶机动车不按规定超车、让行，扣3分； 所以，摩托车闯红灯不会扣C1的分。