摩托车的怠速是指发动机在最低稳定转速下运转，不对外输出功率的状态。如果摩托车在怠速状态下运行几分钟后自动熄火，可能有以下几个原因：
1. 燃油系统问题：可能是燃油供应不足或燃油滤清器堵塞导致供油不畅。检查并清理燃油滤清器或者更换新的，确保燃油供应正常。
2. 空气滤清器堵塞：如果空气滤清器堵塞，进入气缸的空气量减少，燃烧效率降低，可能导致发动机熄火。定期检查和清洁空气滤清器，保持畅通。
3. 火花塞故障：火花塞负责点燃混合气，如果火花塞损坏或不合适，可能导致发动机熄火。检查火花塞是否良好，如有需要请更换。
4. 化油器问题：化油器是摩托车燃油系统的核心部件，如果出现故障可能会导致发动机熄火。检查化油器的调整是否正确，如有必要请进行清洗或更换。
5. 发动机过热：长时间怠速会导致发动机过热，过热后可能会自动熄火以保护发动机。检查冷却系统是否正常工作，如散热器、风扇等。
6. 电路故障：点火线圈、触发线圈、电子点火器等相关电路元件出现故障时也可能导致发动机熄火。检查相关电路连接和元件状态，如有问题请及时修复。
以上都是可能导致摩托车在怠速状态下运行几分钟后自动熄火的常见原因，具体需要根据实际情况进行检查和处理。