理论上，手机APP是可以进行扣分处理违章的。现在许多地方的交通部门都推出了自己的手机APP，用于查询和处理交通违章。这些APP通常允许用户查看违章记录、缴纳罚款以及处理扣分等操作。
但是，实际操作中可能会受到一些限制。例如，有些地区的APP可能只支持本地驾驶证的处理，而不支持外地的驾驶证；或者需要先预约到交通管理部门才能办理等等。所以，具体能否在手机上直接处理扣分违章，还需要根据你所在地区的具体情况来判断。
另外，如果你所在地区没有推出官方的手机APP，你也可以尝试使用第三方的中介服务来处理违章，但要注意选择正规的服务商，并确保其具有合法的经营许可和授权。