1. 动力不足：五菱宏光S3搭载的是1.5L自然吸气发动机，最大功率为99马力，动力表现一般，尤其是高速行驶时，后段加速能力较弱。
2. 内饰简陋：虽然五菱宏光系列一直以性价比著称，但S3的内饰设计较为简单，塑料感较强，与同价位其他车型相比略显廉价。
3. 噪音较大：在行驶过程中，五菱宏光S3的噪音控制一般，尤其是在高速行驶时，风噪和胎噪较为明显。
4. 配置较低：作为一款起售价接近6万元的车型，五菱宏光S3的配置水平相对较低，如没有配备ESP车身稳定系统、倒车雷达等安全配置，且低配版本甚至没有空调。
5. 空间有限：虽然五菱宏光S3定位为紧凑型SUV，但其轴距仅为2800mm，后排空间表现一般，无法满足对空间有较高要求的消费者。