自动档和手动档的学费差异主要取决于以下几个因素：
1. 学习难度不同。手动档需要学员在驾驶过程中不断切换档位，对驾驶技巧要求较高；而自动档车辆则无需换挡，操作相对简单。因此，自动档的学习难度较低，教练可能需要花费较少的时间来教授，所以费用可能相对较低。
2. 市场需求不同。由于自动档汽车更易于操作，越来越受到消费者的喜爱，因此自动档驾驶员的需求量较大。为了吸引更多的学员报名，一些驾校可能会降低自动档的学费以吸引更多学员。
3. 车辆成本不同。手动档车辆的制造成本通常低于自动档车辆，因此在租赁或购买车辆时，手动档的车辆价格也会相对较低。这可能导致驾校在提供手动档培训时使用较便宜的教练车，从而降低了整体费用。
4. 地区差异。在一些地区，自动档汽车的普及率较高，手动档汽车的使用较少，因此自动档驾驶员的需求更大。在这种情况下，驾校可能会提高自动档的学费以弥补需求差异带来的收入损失。而在一些手动档汽车较为普及的地区，手动档驾驶员的需求较大，驾校可能会降低手动档的学费以吸引更多学员。