是的，南京对于外地车牌的车辆进入市区有一定的限制。根据南京市限行政策，外地车牌的车辆在工作日（周一至周五）的早晚高峰时间（早上7:00-9:00，下午16:30-18:30）禁止在本市长江大桥、扬子江隧道、长江隧道等三桥两隧及大桥南路、慈湖街、聚宝路、恒嘉路、栖霞大道、江山大街、江东中路、龙津路、汉中门大街、河奥路、江东北路等道路和区域通行。
需要注意的是，这里的限行主要针对的是蓝牌小型车辆，对于大型货车、特种车辆等不受此限制。此外，周末和法定节假日没有限制。具体规定可能会随时调整，建议出行前查询最新的限行政策。