甲醇燃料电池本身并没有被禁止，但使用甲醇作为燃料的燃料电池汽车在中国曾被禁止。这主要是因为甲醇燃料汽车存在以下问题：
1. 安全性问题：甲醇是一种易燃、易爆的物质，其燃烧时产生的火焰温度极高，容易引燃周围的可燃物质，导致火灾或爆炸事故。此外，甲醇中毒也是安全问题之一。
2. 环境污染问题：虽然甲醇燃料的排放物中一氧化碳、碳氢化合物和氮氧化物等污染物含量较低，但其燃烧过程中会产生大量的挥发性有机物（VOCs），对大气环境造成污染。
3. 资源问题：甲醇的生产和使用需要消耗大量能源，不符合可持续发展的原则。
4. 经济性问题：甲醇燃料的成本较高，不利于推广。