从南京市出发，前往新疆的路线建议如下：
1. 首先沿着G42沪陕高速（沪宁高速）行驶约30公里后，进入G2京沪高速。
2. 沿G2京沪高速继续前行约1100公里到达河南省郑州市，然后转入G30连霍高速（连霍高速公路）。
3. 沿G30连霍高速西行约1600公里到达甘肃省兰州市，然后转入G22青兰高速（青兰高速公路）。
4. 沿G22青兰高速继续前行约750公里到达青海省西宁市，然后转入G6京藏高速（京藏高速公路）。
5. 沿G6京藏高速继续前行约1200公里到达新疆维吾尔自治区乌鲁木齐市，这是新疆的首府城市。
全程约为3350公里左右，预计驾驶时间为1天左右。当然，具体的行程安排还需要根据您的实际情况和兴趣来决定。在旅途中，您还可以游览沿途的一些著名景点，如西安的兵马俑、兰州的黄河铁桥等。