在进行公司车辆年检时，需要准备以下材料：
1. 《机动车检验标志申请表》：填写车辆基本信息和申请人的相关信息。
2. 机动车行驶证：原件复印件均可，用于证明车辆的合法性和基本信息。
3. 机动车交通事故责任强制保险凭证：证明车辆已购买交强险。
4. 车船税纳税或者免税证明：证明车辆已缴纳车船税。
5. 车主身份证明：如身份证、组织机构代码证等，证明车主身份。
6. 代理人身份证明和委托书：如需委托他人办理，需提供代理人的身份证明和书面委托书。
7. 如果是免检车辆，还需提供免检证明材料。
请注意，不同地区和具体规定可能有所不同，建议提前咨询当地车管所或相关部门了解具体要求。