公司车辆超速扣12分的处理方式通常包括以下几个步骤：
1. 学习法规：首先，驾驶员需要了解交通法规和超速驾驶的严重性。这可以通过参加相关部门组织的法规学习和考试来实现。
2. 接受处罚：驾驶员需要按照交通法规的规定接受相应的行政处罚。这可能包括罚款、扣分、吊销驾照甚至行政拘留等。
3. 赔偿损失：如果超速驾驶导致了交通事故或财产损失，驾驶员还需要承担赔偿责任。
4. 内部处理：公司可能需要对驾驶员进行内部处理，如警告、停职、降职或者解雇等。具体处理方式取决于公司的规定和政策。
5. 加强管理：公司应加强对所有驾驶员的安全教育和管理，确保类似问题不再发生。这可能包括定期的法规培训、安装限速设备、加强监督等措施。