在交通事故中，员工受伤后，可以按照以下步骤申请工伤认定：
1. 第一时间报警。一旦发生交通事故，应立即拨打报警电话，并保护现场。警方出具的《道路交通事故责任认定书》是后续处理的重要证据之一。
2. 就医治疗。尽快将受伤的员工送到医院进行救治，并保留所有的医疗费用发票和诊断证明。
3. 收集证据。收集与事故相关的所有证据，包括事故现场照片、监控视频、证人证言等。这些证据有助于证明事故发生的过程和责任归属。
4. 申请工伤认定。向用人单位所在地的人力资源和社会保障部门提交工伤认定申请。需提供以下材料：
- 工伤认定申请表； - 劳动合同文本复印件； - 医疗机构出具的受伤后诊断证明书或者职业病诊断证明书； - 工作场所及上下班途中的相关证明材料（如路线图、交通票据等）； - 其他相关证明材料。
5. 工伤认定结果。人力资源和社会部门收到申请后，应在60日内作出是否认定为工伤的决定。如果被认定为工伤，那么员工可以享受相应的工伤保险待遇。
需要注意的是，不同地区的具体流程可能略有差异，建议咨询当地的专业律师或相关部门了解详细情况。