如果你的五羊电动车的合格证丢失了，你可以采取以下几种方法来处理：
1. 联系卖家或经销商：首先你应该联系购买车辆的商家或者经销商。他们可能有你的购车记录和库存信息，可以帮你重新补办一份新的合格证。
2. 联系生产厂家：如果经销商无法提供帮助，你可以尝试联系该品牌电动车的生产厂家。提供你购车的时间和车辆的基本信息，看看他们是否能帮助你解决这个问题。
3. 补办手续：在某些情况下，你可能需要去当地的交通管理部门办理一些相关手续，以证明你的车辆是合法购买的。具体的补办流程可能因地区而异，建议提前咨询当地相关部门。
4. 考虑购买保险：如果你担心没有合格证的电动车在发生事故时得不到保险公司的赔偿，可以考虑为你的电动车购买相应的保险。保险公司可能会要求你提供相关证明的副本，以确保你的车辆在购买保险时是合法的。
总的来说，虽然丢失合格证可能会给你带来一些麻烦，但是通过以上几种方式，你应该能够解决这个问题。