在上海，新能源汽车牌照的申请流程如下：
1. 准备相关材料：购车人身份证、户口本、驾驶证（非本市户籍还需提供居住证）。
2. 选择购买新能源汽车：在上海市授权的新能源汽车经销商处选购新能源汽车。
3. 缴纳车辆购置税和保险费用。
4. 到车管所办理车辆注册登记手续：
a. 携带上述材料到上海市任意一家车管所办理。
b. 填写《机动车注册登记申请表》并递交相关证明材料。
c. 工作人员对车辆进行查验。
d. 领取《机动车行驶证》和《机动车登记证书》。
5. 申请新能源汽车专用牌照：
a. 携带《机动车行驶证》和《机动车登记证书》到车管所办理。
b. 填写《新能源汽车专用牌照申请表》。
c. 提交购车发票、交强险凭证等相关材料。
d. 审核通过后领取新能源汽车专用牌照。
6. 安装新能源汽车专用牌照并完成车辆备案。
注意：以上流程可能会因政策调整而有所变动，请以实际情况为准。