三缸发动机的缺点主要包括：
1. 噪音大：由于三缸发动机的活塞运动是往复式的，而非四缸发动机的复合式运动，因此在运行过程中会产生较大的噪音。
2. 震动大：同样是因为活塞运动的原理不同，三缸发动机在运行时产生的震动会比四缸发动机更大。
3. 燃油经济性较差：由于燃烧室体积较小，燃烧效率较低，因此三缸发动机的燃油消耗通常要比四缸发动机更高。
4. 动力输出不足：由于活塞运动原理的不同，三缸发动机的动力输出通常不如四缸发动机那么线性、平稳。
5. 维修成本较高：由于结构较为复杂，且零件较少，因此三缸发动机的维修成本相对较高。