1. 车身结构：两厢车只有驾驶室和后备箱两部分，没有独立的引擎舱；而三厢车则多了一个独立的引擎舱，发动机是独立放置的。
2. 空间布局：由于两厢车的发动机是集成在后备箱内的，因此后备箱的空间会受到一定的影响，通常不如三厢车的大；而三厢车的发动机独立存放，后备箱空间相对较大。
3. 安全性：一般来说，三厢车的安全性要优于两厢车，因为三厢车在发生碰撞时，发动机可以吸收一部分冲击力，减轻对车内人员的伤害。而两厢车由于发动机与后备箱距离较近，一旦发生碰撞，可能会对车内人员造成更大的威胁。
4. 外观造型：两厢车的车身较短，看起来更小巧一些；而三厢车则显得更长，看起来更加稳重。
5. 价格：通常情况下，两厢车的价格要比三厢车便宜一些，因为两厢车的生产成本较低。