当驾驶员在一次违章中被扣12分时，通常需要按照以下步骤进行处理：
1. 学习交通法规：驾驶员需要在指定的地点和时间参加为期一天的交通安全法规课程。这个课程的目的是让驾驶员了解他们的行为对道路安全的影响以及如何避免类似的问题再次发生。
2. 考试：在学完交通法规之后，驾驶员需要进行一场关于所学内容的考试。如果考试通过，他们将获得一个学习证明。
3. 领取处罚决定书：驾驶员需要携带身份证明和驾驶证到当地的交通管理部门领取处罚决定书。这个文件将详细说明罚款金额、扣分原因以及其他相关信息。
4. 缴纳罚款：根据处罚决定书的指示，驾驶员需要在指定的时间内缴纳罚款。罚款可以通过现金、支票或在线支付等方式缴纳。
5. 重新获取驾驶证：在完成以上所有步骤后，驾驶员可以带着身份证明、驾驶证和学习证明到当地的交通管理部门申请重新获取驾驶证。在审核通过后，他们将被颁发一个新的驾驶证。
需要注意的是，不同的地区和国家的具体程序可能会有所不同，建议驾驶员在开始处理过程之前咨询当地交通管理部门以获取详细信息。