汽车上被石子蹦出的小坑可以通过以下几种方式修复：
1. 凹陷修复：如果小坑不是很深，可以使用凹陷修复工具将其修复。这种方法需要专业的技术和工具，但是可以保留原漆。
2. 补漆：如果小坑比较深，需要进行补漆。补漆需要将受损部位打磨平整，然后进行喷漆。这种方法需要一定的技术和经验，否则会影响修复效果。
3. 更换部件：如果小坑比较严重，需要更换部件。这种方法需要更换整个部件，例如车门、引擎盖等，费用较高。
无论采用哪种方法，都需要先对受损部位进行清洗和打磨，以确保修复效果。建议将汽车送到专业的汽车维修店进行修复。