非法营运车辆发生交通事故的责任判定如下：
1、非法营运并不意味着一定会导致交通事故的发生；
2、此外，非法经营和交通事故侵犯的法律利益是不一样的；
3、因此，在非法运营车辆在交通肇事中在事故责任认定中与普通车辆一样，只追究其对违章道路交通安全法的责任，非法运营是运管部门进行处罚管理的，与交通事故处理无关。