自动启停是不会导致发动机进水的，进水的原因可能是：
1、可能是气缸垫破损，冷却水进入了气缸里；
2、被水淹没的地方，车子走过，熄火后再强制点火，也会有水吸进去的；
3、汽车保养时，维修人员搞错了，把防冻液或水当成机油，加了点，但问题不大。