单位车辆违章，应该由违章时的实际驾驶人去处理：
1、由驾驶该车的驾驶员持驾驶证、行驶证到所在地的车辆违章中心处理；
2、违章罚款是不允许报销的，所以驾驶员违章应该自行承担后果，但如果是公司领导要求违章行驶，而驾驶员无力阻止，导致的违章罚款，应该有公司承担；
3、如果因为公司要求驾驶员违章行驶或停车导致记分，公司应该给与驾驶员必要的精神补偿。