机动车登记证书补办流程如下：
1、携带所需资料，开车到车辆注册地车管所办理，车辆通过查验通道，直接到查验点，开始查验车辆；
2、工作人员对车辆进行查验，查验完成后，车主到查验服务处确认信息；
3、然后到业务大厅导办服务台装订手续，排队等待办理，装订手续后，到对应窗口进行办理；
4、携带受理凭证到收费窗口交费，然后到取证窗口打印机动车登记证书，补办完成。