发动机盖被小石子打掉了漆解决方法如下：
1、钣金处理：车身上的凹陷部位要使之恢复原状必须用锤子敲打及焊接等来完成；
2、腻子处理：钣金后不平整的地方要用一种黏土（通常说的腻子）东西涂平；
3、打磨处理：要用不同型号的砂纸打磨来修整腻子的凹凸面；
4、底层喷涂：为了防止生锈，还需喷涂一层防锈漆；
5、最后通过喷漆、烤漆就可以完全修复漆面。