在沈阳，货车防疫通行证的办理流程如下：
1. 准备材料：车主需要提供身份证、行驶证、驾驶证、车辆照片等材料。
2. 填写申请表：车主可以在沈阳市政府官网下载并填写《沈阳市疫情防控应急物资及人员运输车辆通行证》申请表。
3. 提交申请：将申请材料和申请表提交给所在地区的疫情防控指挥部或交通运输部门。
4. 审核发证：相关部门会对提交的申请进行审核，审核通过后，会发放防疫通行证。
5. 使用通行证：持有防疫通行证的车辆在运输防疫物资时，可以享受优先通行的待遇。
需要注意的是，具体的办理流程和所需材料可能因地区和疫情状况而有所不同，建议提前咨询当地相关部门了解详细信息。