1. 交通部门罚款：根据《中华人民共和国道路交通安全法》规定，擅自改变机动车外形和已登记的有关技术数据的，由公安机关交通管理部门责令恢复原状，并处警告或者五百元以下罚款。
2. 保险理赔问题：如果车辆发生事故需要理赔时，保险公司可能会因为发动机更换而拒绝赔付或减少赔付金额。
3. 年检无法通过：车辆年检时，工作人员会对车辆的各项性能和安全设备进行检查，如果发现发动机被更换过，那么车辆将无法通过年检。
4. 影响二手车交易价格：如果车辆更换了发动机，那么在出售二手车时，可能会因为这一情况而导致车辆的价格降低。
5. 安全隐患增加：未经备案的发动机可能存在质量问题或未达到安全标准，这会增加行车过程中的安全隐患。