三元锂电池和磷酸铁锂电池各有优缺点，它们在新能源汽车中的应用取决于具体的应用场景和使用需求。
1. 三元锂电池：优点是能量密度高、循环寿命长、充电速度快；缺点是成本较高，且高温性能较差，容易发生热失控。因此，适用于对续航里程要求较高、充电速度要求快的新能源汽车，如电动汽车和电动自行车等。
2. 磷酸铁锂电池：优点是成本低、安全性能高、循环寿命长；缺点是能量密度相对较低，充电速度较慢。因此，适用于对成本和安全性能要求较高的场景，如低速电动车、储能系统等。
总的来说，如果更注重续航里程和充电速度，可以选择三元锂电池；如果更注重成本和安全性，可以选择磷酸铁锂电池。