这两款发动机各有特点，具体哪款更好需要根据您的实际需求和车辆用途来判断。
MR20是马自达的一款直列四缸汽油发动机，其特点是轻量化、高输出、低油耗以及环保性能优秀。这款发动机广泛应用于马自达的各款车型中，包括MX-5、RX-8等跑车，以及马自达3、马自达6等家用车。如果您追求驾驶性能和燃油经济性，那么MR20可能更适合您。
HR16则是本田的一款直列四缸汽油发动机，同样广泛应用于本田的各款车型中，如思域、杰德、凌派等。HR16的特点是动力强劲、稳定性高、耐用性强。如果您更看重车辆的可靠性和长期使用的经济性，那么HR16可能更适合您。
总的来说，这两款发动机都是各自品牌的核心技术之一，性能都非常出色。选择哪款发动机取决于您的个人喜好和对车辆需求的理解。