C1驾驶证的12分扣完了，需要按照以下步骤进行处理：
1. 学习理论知识：首先，你需要参加由当地车辆管理所组织的交通安全法律法规和相关知识的学习。这个学习通常是免费的，可能需要你花费一些时间来完成。
2. 参加考试：在学习完成后，你需要参加一个相关的考试，以检验你是否已经掌握了这些知识。这个考试也是免费的，但如果不通过，你可能需要重新学习并再次参加考试。
3. 恢复驾驶资格：如果你在考试中通过了，那么你将获得一个学习证明。拿着这个证明，你去车管所办理扣分清零手续，你的驾驶证分数将恢复到12分。
4. 注意：如果你的驾驶证扣满分两次以上（即累计达到24分以上），那么你除了需要学习并通过考试外，可能还需要办理降级手续。具体的规定可能会因地区和具体情况而有所不同，建议你咨询当地的交通管理部门或律师了解详细信息。