A1A2D驾驶证的持有人，如果发生了违章行为并被扣分，需要按照以下步骤进行处理：
1. 学习：首先，驾驶员需要参加由当地交通管理部门组织的交通安全教育课。
2. 考试：完成学习后，驾驶员需要进行相关知识的考试以确认已经理解并掌握了交通法规和驾驶安全知识。
3. 缴纳罚款：根据违章行为的严重程度，驾驶员可能需要支付一定的罚款。罚款可以通过线上或线下的方式进行支付。
4. 记分清零：在完成学习和考试并通过缴纳罚款后，驾驶员的驾驶证上的记分将会被清零。
需要注意的是，不同地区的具体操作流程可能会有所不同，建议驾驶员在收到违章通知后尽快联系当地的交通管理部门进行咨询和处理。