1. 结构上的不同：顶杆发动机和链条发动机在结构上有很大的差异。顶杆式发动机的配气机构采用金属顶杆，而链条发动机则使用链条来驱动凸轮轴进行进气、排气动作。
2. 工作原理的不同：顶杆发动机的工作原理是利用曲轴通过金属顶杆直接驱动凸轮轴完成进气和排气的过程；而链条发动机则是通过链条带动凸轮轴旋转，实现气门的开启和关闭。
3. 性能上的不同：由于链条发动机的传动方式更加直接，所以链条机的动力传输效率更高，燃油经济性更好，同时噪音也较小。而顶杆发动机由于其机械结构的限制，在性能上相对较弱，燃油经济性和噪音控制方面也不如链条机。