当您的福克斯电瓶亏电后，出现变速箱故障时，建议您首先将车辆送到专业的汽车维修店进行检查和修复。以下是一些建议：
1. 检查电池：首先需要确保电池充电正常，如果电池老化或损坏，可能需要更换新电池。
2. 检查变速箱油：电瓶亏电可能导致变速箱油液温度过高，从而影响变速箱性能。检查变速箱油液位和质量，如有需要请进行更换。
3. 检查电子系统：电瓶亏电可能影响车辆的电子系统，包括变速箱控制模块等。专业技师会使用诊断设备检查相关部件是否存在故障代码，并根据需要进行修复或更换。
4. 检查机械部件：变速箱内部的一些机械部件可能在电瓶亏电期间受到损害。专业技师会对变速箱进行全面检查，发现并修复任何潜在的机械问题。
5. 重新设置变速箱控制模块：如果变速箱控制模块存在故障，可能需要重新设置其参数。这通常需要在专业的汽车维修店完成。
总之，对于福克斯电瓶亏电后出现的变速箱故障，您应该尽快联系专业技师进行检查和修复。在修复过程中，务必遵循正确的操作程序，以确保您的车辆安全无虞。