1. 位置不同：
深圳东站位于深圳市龙岗区布吉街道，主要办理华南地区至全国各地区的长途列车始发和终到业务。而深圳西站则位于南山区南头关口，主要承担西南、华中、华东等地区列车的中转业务。
2. 规模不同：
深圳东站是深圳市最大的火车站之一，占地面积达到了320万平方米，拥有10个站台，20条铁路线。而深圳西站的占地面积相对较小，只有70多万平方米，拥有5个站台，9条铁路线。
3. 功能定位不同：
深圳东站定位为特大型铁路枢纽站，主要承担华南地区至全国各地区的长途列车始发和终到业务，以及部分高铁列车的通过业务。而深圳西站则定位为大型铁路客运站，主要承担西南、华中、华东等地区列车的中转业务，以及部分普速列车的始发和终到业务。