在机动车交通事故中，如果被保险车辆承担次要责任，交强险的赔偿会根据以下原则进行：
1. 首先，交强险的赔付范围仅限于本车人员、被保险人以外的受害人的人身伤亡和财产损失。对于财产损失，交强险的赔付额度有限，一般为2000元，具体数额可能因地区和车型而异。
2. 对于人身伤亡部分，交强险的赔付分为死亡伤残赔偿、医疗费用赔偿和财产损失赔偿三个部分。其中，死亡伤残赔偿限额为110,000元，医疗费用赔偿限额为10,000元。这些数额是针对每次事故的总赔偿限额，而不是按照责任比例分配的。
3. 根据被保险车辆的责任比例，交强险的赔付金额会相应减少。例如，如果被保险车辆承担次要责任，那么需要与主要责任方共同承担损失。在这种情况下，交强险的赔付金额将按照责任比例进行分配。
4. 在实际赔付过程中，保险公司会根据事故认定书、医疗发票等相关材料进行审核，确保赔付金额符合法律规定和保险合同约定的范围。
总之，机动车次要责任交强险的赔偿需要根据具体的法律法规和保险合同约定来进行。在实际操作中，建议及时与保险公司沟通，了解具体的赔付流程和所需材料，以确保合法权益得到保障。