农村合作医疗，一般指的是新型农村合作医疗。这是一种由政府组织引导，农民自愿参加，个人、集体和政府多方筹资，以大病统筹为主的农民医疗互助共济制度。
对于交通事故的医疗费用，是否能通过农村合作医疗进行报销，需要根据具体情况而定。一般来说，如果交通事故是由第三方造成的（例如：车祸），那么医疗费用应该由肇事者承担，不能通过农村合作医疗进行报销。但是，如果交通事故无法找到肇事者或者肇事者无力承担医疗费用，那么可以按照规定通过农村合作医疗进行报销。
具体的规定和操作流程，建议咨询当地的农村合作医疗管理部门或相关部门了解。