新车上牌后合格证是要交给车管所保管的。车辆合格证是：
1、车辆的另一个重要证明，也是车辆在使用时所必需的证件；
2、只有合格证的车辆才能满足国家对机动车设备质量及相关标准的要求；
3、车辆上牌照都是需要车辆合格证才能办理的，没有合格证的车辆无法上路行驶。